La E.S.E Hospital San Carlos de Aipe, desde su nacimiento como Centro de Salud adscrito a la Beneficencia del Huila, y posteriormente bajo la figura de Empresa Social del Estado, funcionó en unas instalaciones ubicadas en la carrera 2 entre calles 4 y 5, Barrio Pablo Sexto, en el Área Urbana del Municipio de Aipe.

Desde el año 2010, la E.S.E. Hospital San Carlos recibe en comodato las instalaciones nuevas que actualmente ocupa y en las cuales presta sus servicios. Estas instalaciones se encuentran ubicadas en la Avenida Nuevo Milenio, número 12 A-13 del Municipio de Aipe.

Hacia la década de los 50`s, motivados por garantizar el bienestar de las familias del Municipio de Aipe, con respecto al servicio y atención médica, se tomó la iniciativa de permitir la edificación y el funcionamiento de un Puesto de Salud en uno de los lotes propiedad de la Beneficencia del Huila.